Magurski Park Narodowy 

Na terenie gminy znajduje się tylko niewielka część Magurskiego Parku Narodowego1 136,6 ha stanowiąca 3,4% powierzchni całkowitej gminy Dukla. Magurski Park Narodowy został utworzony Rozporządzeniem Rady Ministrów z 24 listopada 1994 r, a działalność rozpoczął od 1 stycznia 1995 r. Powierzchnia parku wynosi 19 439 ha, z czego 89,7% przypada na teren woj. Podkarpackiego (powiat jasielski: gminy: Krempna, Dębowiec, Osiek Jasielski i powiat krośnieński: gmina Dukla).

Magurski Park Narodowy zajmuje fragment środkowej części Beskidu Niskiego o najbardziej typowym dla tego pasma krajobrazie gór niskich i średnich. Podnóża wzniesień leżą na wysokości 380-400 m n.p.m., natomiast szczyty rzadko przekraczają 800 m n.p.m. Osią parku jest rzeka Wisłoka, mająca charakter górski, której źródła znajdują się na zboczu Dębiego Wierchu (582 m n.p.m.) w otulinie MPN. Tworzy ona malownicze przełomy i urocze zakola. Park ma charakter typowo leśny, ponieważ aż 95% powierzchni pokrywają lasy. Pozostałe 5% przypada na łąki i pastwiska.

Największymi osobliwościami MPN są łanowo występujące populacje storczyków, a także występowanie całego prawe kompletu dużych leśnych drapieżników. Występują tu również kilkuset hektarowe wolne przestrzenie, gdzie brak jest jakichkolwiek zabudowań. Na uwagę zasługują również cerkwie typu zachodniołemkowskiego, przydrożne kapliczki, krzyże i cmentarze, szczególnie z I – wojny światowej.

Jaśliski Park Krajobrazowy 

Jaśliski Park Krajobrazowy powstał w 1992 r., leży w południowo-wschodniej części Beskidu Niskiego, wzdłuż granicy ze Słowacją, w gminach: Krempna, Dukla, Jaśliska i Komańcza. Liczy 20 911 ha. Osobliwością parku są unikatowe w Karpatach zbiorowiska jaworzyny górskiej – lasu, w którym dominują jawory i wiązy, a w runie obficie występuje bardzo rzadka paproć – języcznik zwyczajny. Flora naczyniowa Parku liczy ok. 900 gatunków, z czego aż 600 to gatunki leśne, bowiem lasy stanowią przeszło 76% jego powierzchni. Charakterystycznym elementem krajobrazu są tutaj tereny po opuszczonych wsiach łemkowskich Jasiel, Czeremcha i Lipowiec, które obecnie zajmują łąki i pastwiska. Oprócz walorów przyrodniczych Jaśliski Park Krajobrazowy grupuje cenne pamiątki historyczne i kulturowe wiążące się z burzliwą historią żyjących na tych ziemiach Polaków, Łemków i Żydów.

Rezerwaty, chroniące najcenniejsze przyrodniczo obszary chronione:

• Modrzyna – rezerwat leśny – pow. 18 ha, położony nieco na zachód od miejscowości Barwinek, obejmuje fragment lasu z dużym naturalnym skupiskiem modrzewia polskiego wraz z jodłą. Występujące tu modrzewie mają ok. 200 lat (550 sztuk). W runie leśnym występują charakterystyczne dla lasu górskiego rośliny, jak gajowiec złoty, kopytnik pospolity, żonkil zwyczajny i fiołek leśny.
• Wadernik – rezerwat leśny o pow. 11 ha, położony w pobliżu miejscowości Ropianka koło Dukli, obejmujący fragment lasu jodłowo-bukowego z największym w Beskidzie Niskim naturalnym stanowiskiem cisa pospolitego (214 szt., najwyższe ok. 5 m). Wśród gatunków chronionych występują: storczyk szerokolistny i męski, podkolan biały, wawrzynek wilczełyko, pierwiosnka i kopytnik pospolity.
• Cisy w Nowej Wsi – rezerwat leśny o pow. 2,18 ha, położony na południowy-wschód od Dukli, (zachodnie zbocza Cergowej, wys. 430-470 m n.p.m.) Rezerwat obejmuje fragment lasu bukowo-jodłowego z domieszką jaworu, dębu i grabu z naturalnym stanowiskiem cisa pospolitego (44 szt. – głównie w formie drzewiastej, niektóre sięgają 3m). Runo leśne tworzą gatunki typowe dla zespołów buczyny karpackiej, a wśród nich rośliny chronione, jak np. lilia złotogłów i wawrzynek wilczełyko.
• Igiełki – rezerwat leśny – pow. 27,88 ha, położony w Beskidzie Dukielskim (wieś Mszana), chroniący naturalne stanowiska cisa pospolitego (149 szt. – najokazalszy egzemplarz ma 6 m wysokości) usytuowane w naturalnym drzewostanie jodłowo-bukowym w wieku 70-100 lat. W rezerwacie znajdują się 63 gatunki roślin naczyniowych (w tym 16 gatunków drzewiastych i krzewiastych).
• Rezerwat Tysiąclecia na Cergowej Górze – rezerwat krajobrazowy (1963 r., pow. 64 ha) położony w miejscowości Jasionka na płd.-wsch. od Dukli obejmuje fragment naturalnego lasu mieszanego porastającego wierzchołek i północne stoki góry Cergowej (716 m n.p.m.). Ochronie podlega wielogatunkowy las jodłowo-bukowy z ciekawym zespołem roślin i stanowiskiem cisów. Występuje też zbiorowisko olszynki karpackiej i jaworzyny górskiej oraz ponad 100 krzewów cisa. Ozdobą bogatej flory są stanowiska rzadkich roślin, m.in. kłokoczki południowej (krzew terenów ciepłych), języcznika zwyczajnego (rzadka paproć), czosnku niedźwiedziego, kruszczyka szerokolistnego. Rośnie tu 100 gatunków grzybów (także rzadkich). Pod szczytem Cergowej wypływa źródełko, na którym wybudowano kapliczkę związaną z kultem św. Jana z Dukli. Występują tu także naturalne formy geologiczne (jaskinie, skalne wychodnie piaskowców krośnieńskich, zsuwy i obrywy).

Obszar Chronionego Krajobrazu Beskidu Niskiego

Całkowita powierzchnia obszaru chronionego wynosi 82 630 ha. Obszar ten obejmuje tereny chronione, ze względu na wyróżniający się krajobraz o zróżnicowanych ekosystemach, wartościowe ze względu na możliwość zaspakajania potrzeb związanych z masową turystyką i wypoczynkiem. Zlokalizowany jest na terenie gmin: Dębowiec, Krempna, Nowy Żmigród i Osiek Jasielski w powiecie jasielskim, Dukla, Rymanów, Iwonicz-Zdrój i Miejsce Piastowe w powiecie krośnieńskim, Besko, Bukowsko, Komańcza, Sanok, Zagórz i Zarszyn w powiecie sanockim.

Formy ochrony w ramach sieci Natura 2000

• Beskid Niski
• Ostoja Jaśliska
• Ostoja Magurska
• Trzciana
• Jasiołka
• Łysa Góra
• Osuwiska w Lipowicy
• Kościół w Równem

Pomniki przyrody 

Na terenie gminy Dukla występuje:

• 6 pomników przyrody ożywionej: lipy drobnolistne, dęby szypułkowe, cisy;
• 1 pomnik przyrody nieożywionej: wodospad na Iwełce

Użytki ekologiczne

Są to tereny cenne przyrodniczo, podmokłe, z bogatą roślinnością stanowiące ostoję dzikiego ptactwa i zwierząt.

Na terenie gminy Dukla zostały utworzone 3 użytki ekologiczne:

1. „Moczeliska” – o powierzchni 2,13 ha położony w Mszanie
2. „Czarna Młaka” – o powierzchni 9,16 ha położony w Zyndranowej
3. „Deszczanka” – o powierzchni 5,81 ha położony w Zyndranowej