Dukla założona w XIV w. zyskała na znaczeniu w połowie XVI w. Powstała tu komora celna przy szlaku handlowym na Węgry. W 1588 r. król Zygmunt III Waza nadał miastu prawo składu wina, a od 1595 r. wszystkie przewożone przez granicę towary musiały być oclone w Dukli. Z Węgier przewożono głównie wino, piwo, konie, suszone owoce, sery i żelazo. Natomiast z Polski nad Dunaj wywożono m.in. sukna, przędze, skóry, miód, śledzie. Dzięki przywilejom i funkcjonowaniu komory celnej bogacili się dukielscy mieszczanie.

Pierwsza komora celna początkowo mieściła się w ratuszu. Notowano duże obroty towarów eksportowanych, importowanych oraz tranzytowych. Prawdopodobnie w XVII wieku wybudowano nową komorę celną (obecna lokalizacja) znajdującą się na południowy wschód od rynku. W XVIII w. Duklę często nawiedzały pożary, które niszczyły drewnianą zabudowę miasta. Mniszchowie, ówcześni właściciele miasta, nalegali, aby odbudowę spalonych budynków wykonać z użyciem trwałych materiałów budowlanych. Być może wtedy wybudowano komorę celną, której ruiny pozostały do dziś.

Informacje o komorze celnej w Dukli pochodzą z 1546 roku, kiedy to król Zygmunt Stary polecił właścicielowi miasta Janowi Jordanowi, aby nie przeszkadzał w tworzeniu królewskiej komory celnej w mieście. Zapisy przekazujące mówią, iż w 1551-1552 roku na komorze w Dukli odnotowano 56 koni z suknem. Zawarta w rachunkach skarbowych z 1554 roku informacja mówi o wydatku na rzecz strażników celnych, którzy pilnowali cła na jarmarku dukielskim, dowodzi również o powstaniu komory celnej w mieście. Dukla leżała ma ważnym szlaku handlowym tzw. Trakcie Węgierskim prowadzącym przez przełęcz Dukielską na Węgry. Od końca XVI w. i przez cały wiek XVII miasto odgrywało ważną rolę w polsko-węgierskim handlu winem. W 1588 roku Zygmunt III Waza nadał Dukli przywilej składu wina. Od 1595 roku wszystkie przewożone przez granicę towary musiały być clone w Dukli.

Mapa katastralna z 1851 roku pokazuje kwadratowy rzut obecnych ruin budynku, który był usytuowany w dość zwartej i chaotycznej zabudowie na wąskiej i długiej działce. Budynek położony był w obrębie umocnień miejskich, od północy płynął ciek wodny dopływający do rzeki Jasiołki.

Prawdopodobnie podczas pożaru miasta w 1889 roku budynek uległ uszkodzeniu. Na murze zachodniej elewacji widać ślady po pożarze. Po dobudowie użytkowany był jako skład.

Mapa katastralna z początku XX wieku pokazuje prawie analogiczny układ jak na mapie z połowu XIX wieku.

Komora wykonana jest z otoczaków rzecznych, kamienia łamanego i w nieznacznym stopniu z cegły, starannie ułożonych na zaprawie wapiennej, z zewnątrz i wewnątrz nietynkowana. Mury obwodowe są dość grube, widoczne są trzy poziomy otworów maculcowych. Otwory okienne w dolnej partii są prostokątne, małe, o klińcach ułożonych z kamieni, w górnej, pierwotnie były o formie wydłużonego prostokąta, od wewnątrz we wnękach, po przekształceniu są w dwóch poziomach, prostokątne, niektóre o klińcach ułożonych z cegieł.

Bezpowrotnie zaginęły księgi hipoteczne miasta Dukli, stąd nie można ustalić kolejnych właścicieli obiektu. Z zachowanej dokumentacji w zasobie geodezyjnym wypisów hipotecznych sporządzonych w Dukli 12 maja 1939 roku, wiemy, że budynek komory celnej posadowiony był na parceli Schaji Steinreicha, syna Markusa. W 1939 roku budynek prawdopodobnie uległ pożarowi. Zbiór dokumentów miasta Dukli zawiera zapis z lat 40.XX wieku, że działki, na których położona jest komora celna własność Altholz Mendel, przeszły po połowie na rzecz Stefanii Suski i Piotra Suski z Iwli. Po wojnie do połowy lat 70. budynek dzierżawiła Gminna Spółdzielnia Samopomoc Chłopska. W następnych latach w nieużytkowanym budynku zawaliła się południowa ściana.

W 1989 roku obiekt w stanie zaawansowanej ruiny został wpisany do rejestru zbytków jako przykład zachowanego jedynego tego rodzaju budynku użyteczności publicznej na terenie Polski południowo-wschodniej.

W 2016 roku właściciele ze względu na brak funduszy na zabezpieczenie ruin (ich stan techniczny zagrażał sąsiadującym domostwom) przekazali działkę i obiekt na rzecz gminy Dukla. Budynek był mocno zniszczony, zarośnięty krzakami, a stan techniczny zaczynał zagrażać zawaleniem. Gmina po przejęciu obiektu chcąc wykonać jakiekolwiek prace musiała wszystko uzgadniać z konserwatorem zabytków. Latem 2018 roku rozpoczęto prace porządkowe pod nadzorem archeologa Wojciecha Pasterkiewicza i architekta Marka Gransickiego. Wiosną 2019 roku rozpoczęto prace konserwatorskie. Odtworzono część brakujących murów komory, wykonano izolację, zapobiegjącą dalszemu przemakaniu murów, odnowiono spoiny, uzupełniono ubytki oraz zamurowano część otworów okiennych. Odtworzono zarys ścian komory, to jest w całości ścianę północną i częściowo ściany od strony wschodniej i zachodniej.

Ruiny komory celnej to zabytek, jeden z najcenniejszych w Dukli, zlokalizowany przy ul. Kościuszki 5. Są to jedyne zachowane ruiny komory celnej w Polsce.